28 июня 1812 года Наполеон прибыл в Вильну. Аристократы Литвы и Польши устроили ему пышный прием и бал в том же самом месте, где несколько дней назад так грациозно поднимали бокалы в честь царя. Те самые дамы танцевали уже с новыми важными иностранными гостями, выражая бессмысленную элегантность.

В целях практичности Наполеон устроил в тылу надежную опорную базу и центр связи. Вильна была выбрана в качестве штаб-квартиры Великой армии Наполеона, а также штаба французской дипломатии. Таким образом, Вильна стала временной столицей Франции.

Наполеон, не теряя времени, освободил крепостныхв Самогитии. Крестьяне Литвы и Польши, услышав это известие, тоже надеялись на свободу, но польско-литовская знать убедила Наполеона воздержаться от подобных действий в их странах. Наполеон обратился к крестьянам и пообещал, что когда он одержит победу над Россией, упразднит крепостное право. Эта ошибка дорого стоила Наполеону. Верные ему аристократы собрали лишь тридцать тысяч плохо обученных и еще хуже обеспеченных новобранцев – «армию Фальстафа». Раздраженный Наполеон отомстил им – отказал дворянству в будущем получать их бывшие привилегии во время правления временного правительства великого княжества литовского, которое он учредил постановлением от 1 июля 1812 года. Заносчивая шляхта Литвы и Польши выражала недовольство, и требовала восстановить бывшую унию, а также беспредельные привилегии знати. Однако Наполеон был другого мнения.

Французские генералы, идя следом за отступающим противником и сталкиваясь с последствиями политики «выжженной земли», старались набрать как можно больше войск, а Литву превратить в главную базу снабжения и связи для продвигающейся вперед Великой армии Наполеона. Императорский декрет по учреждению временного правительства Литвы основное внимание уделял именно этим, чисто военным целям.

Генералы армии Наполеона, привыкшие, что во всей Европе для них были подготовлены пути для продвижения крупных военных подразделений, здесь столкнулись с большими трудностями. Во время короткого форсированного марша из Ковна в Вильну король Неаполя потерял более пятнадцати тысяч лошадей. Маршал Даву (Louis-Nicolas D’Avout) резко протестовал, что в бедной стране растрачивается великолепная артиллерия. Во время этого короткого похода дезертировало более пятидесяти тысяч французских солдат, в то время как датские подразделения опустошили окрестности Лиды и Трок.

Солдаты многонациональной армии Франции стали проявлять признаки аморальности. Недисциплинированные солдаты без присмотра офицеров, которые не были склонны пререкаться с ними, бродили по городам и деревням, пьянствуя и занимаясь грабежом. Австрийский корпус князя Шварценберга открыто заявил о своем нежелании сражаться с русскими. Всем был очевиден низкий моральный дух Великой армии Наполеона, но он это либо игнорировал, либо думал, что ее состояние не будет влиять на предстоящий поход на Москву. Наполеон слишком много времени уделял для решения политических и дипломатических дел. Оказание преимущества этим, а не военным делам, наверное, было основным фактором, способствовавшим провалу кампании Наполеона в России.

В конце июля Наполеон принял небольшую делегацию знатных самогитов. С ними принимали участие высокомерные и богатые представители польско-литовской шляхты. Этот прием организовал генерал Жак Макдональд ('Etienne-Jacques-Joseph-Alexandre Macdonald), командовавший прусской армией Наполеона и в то время находящийся в Самогитии со своими войсками.

Знать Самогитии в большинстве своем была небогатой и совсем непохожей на титулованных особ Литвы и Польши, но она отличались военной выправкой и очевидной физической силой. Рассказывается, что у польско-литовской шляхты создалось впечатление, что Наполеон больше уважал искренних самогитов, нежели рафинированных подхалимов аристократов.

Желая еще больше расстроить шляхту, Наполеон специально выразил особую озабоченность судьбой восьмидесяти восьмилетнего короля Самогитии Нумиса.

Титулованные военные из Самогитии на встречах с членами штаба Наполеона предложили им три кавалерийских полка, всего шесть тысяч всадников. После обсуждения, штабные офицеры объявили, что это мизерный вклад по сравнению с Великой армией, которую составляло более чем шестьсот тысяч солдат. Самогиты подчеркнули, что один самогитский воин равен пяти солдатам союзных подразделений армии Наполеона, поэтому их силы равноценные тридцати тысячам воинов.

Самогиты презирали солдат Великой армии, которые только блуждали по Литве, пьянствовали и разбойничали. Таких было большинство, а безответственные командиры, не желающие с ними связываться, их не усмиряли. Самогиты сомневались, можно ли доверять солдатам союзников, если, например, некоторые подразделения из Австрии открыто выражали нежелание воевать с русскими. Самогиты пытались убедить генеральный штаб вести наступление не на Москву, а в первую очередь взять Санкт-Петербург, чтобы обозы снабжения могли в безопасности следовать по территориям дружественных стран. Они предупредили французов, что последствий тактики «выжженной земли» надо ожидать и в самой Москве, если Наполеон ее достигнет.

Самогиты постоянно подчеркивали важность линий снабжения и очень сомневались, будет ли возможно переправлять продукты из Литвы в Москву. Самогиты были уверены, что французы никогда не решат эту задачу, потому что они не чувствуют того огромного пространства, с которым им придется столкнуться. Наполеону для похода на Москву было необходимо большое количество пушек. Снаряды для них должны были доставляться средствами перевозки и снабжения. Оказалось, что это невыполнимое задание, так как только для этой цели потребовалось бы великое множество лошадей. Самогиты утверждали, что западноевропейские породы лошадей не вынесут чрезвычайно холодной и суровой зимы, они уже в Литве заметили, что при нехватке подходящего фуража, при кормлении лошадей неспелой рожью, их пало тысячами. Самогиты объясняли, что их небольшие военные лошадки были бы более пригодны для таких условий, но сейчас их тоже не хватало.