И вот пришло 22 апреля 1792 года. В кабинет Новикова вошел советник уголовной палаты Д. А. Олсуфьев и предъявил хозяину ордер на обыск. «Приступайте»,— просто и печально сказал Николай Иванович и попросил разрешения удалиться в свою комнату, где друг его и врач М. И. Багрянский старался его поддержать. Обитатели Авдотьина были потрясены происходящим. Сын и старшая дочь писателя не выдержали нервного напряжения, и с ними первый раз в жизни случился припадок эпилепсии.

Крестьяне, не понимая, в чем виноват их барин, собирались группами и издали со страхом следили за происходящим. А Николай Иванович не знал приказа Екатерины II, данного Прозоровскому: «Найдется ли у него такая книга, либо другие, ей подобные... и то, и другое будет служить достаточным обличением».

Главным обвинением против него оказалось письмо В. И. Баженова о свидании архитектора с наследником престола Павлом и о передаче ему масонских книг, посланных Новиковым. Это письмо неведомыми путями оказалось в руках Екатерины. Закончив обыск, Олсуфьев объявил хозяину дома об его аресте. При этом известии Николай Иванович потерял сознание. Когда некоторое время спустя он открыл глаза, то был уже другим человеком. Ворон, который, по свидетельствам очевидцев, так упорно прилетал в Авдотьино в апреле 1792 года, действительно оказался вестником несчастья. Его зловещее карканье предвещало духовную смерть великого просветителя, смелого сатирика, неутомимого борца за торжество разума и справедливости. Нам остается только догадываться о причинах того глубокого духовного потрясения, которое Новиков пережил в этот день. Все, что Новиков успел сделать в жизни, для блага своих сограждан, он сделал до этого дня. Дальше ему оставалось лишь прожить второе земное воплощение.

Очевидно, Олсуфьев понял, в каком крайнем истощении духовных и физических сил находился Новиков, и не решился везти его в Москву. Вернувшись, он доложил об этом генерал-губернатору Прозоровскому, вызвав тем самым его большое неудовольствие. На следующий день отряд гусар под командованием майора князя Жевахова выполнил приказ московского генерал-губернатора, доставив «важного государственного преступника, притворившегося тяжело больным», Прозоровскому, а затем, по распоряжению императрицы, в Шлиссельбургскую крепость, которая стала его «домом» на долгие четыре года и где самый страшный в государстве человек начальник Тайной экспедиции С. И. Шешковский вел его следствие. Вместе с Новиковым в каземате, где когда-то содержался и был убит другой опасный для спокойствия власти человек — несчастный Иоанн Антонович, находились, добровольно разделив с ним все тяготы заключения, доктор Багрянский и крепостной слуга. Велико же было нравственное воздействие Новикова на близких ему людей, если жертвовали они свободой, считая, что выполняют свой долг!

Отмечая 150-летие со дня рождения Новикова, историк В. О. Ключевский напишет: «Постигшая Новикова катастрофа произвела на русское образованное общество такое потрясающее впечатление, которое не производило падение ни одной из многочисленных и случайных «звезд», появившихся на русском великосветском небосклоне прошлого века».

О судьбе Новикова после ареста долгое время никто ничего не знал, и в Москве ходили о нем различные слухи. Так, в дневнике известного ученого А. Т. Болотова от 12 января 1796 года есть такая запись: «Славного Новикова и дом, и его имение, и книги продаются в Москве из магистрата с аукциона и типография, и книги, и все, особливо нечто значило. По-видимому, справедлив тот слух, что его нет уже в живых — сего восстановителя литературы».

Учрежденная после ареста просветителя Комиссия духовных цензоров занялась работой по выявлению крамольных книг среди изданных в типографиях Новикова. Через полтора года ее работа была завершена. 18 656 книг, находившихся в московском доме Новикова и в Авдотьине, а также в фондах «Дружеского ученого общества», Типографической компании и на складах магазинов, были преданы огню 15 июня 1794 года на Болотной площади. Среди массы сожженных книг, между прочим, погиб и «Юлий Цезарь» В. Шекспира в переводе Н. М. Карамзина.

Общество безмолвствовало. Лишь Карамзин, не изменив присущему ему благородству, дерзнул воззвать к гуманным чувствам Екатерины II. В майском номере 1792 года издаваемого им «Московского журнала» была напечатана ода «К милости», где есть такие строки: «Там трон навек не потрясется, где он любовью бережется». Царица хранила молчание. И опасаясь нежелательных для себя последствий, Карамзин поспешил закрыть журнал.

Друг и единомышленник Новикова по масонскому ордеру архитектор Баженов, письмо которого сыграло столь роковую роль в судьбе Новикова, боясь преследования, закрыл архитектурную школу, созданную им в Москве, и спешно выехал под защиту Павла в Гатчину, где цесаревич назначил его главным архитектором гатчинского двора.

Будущий великий баснописец И. А. Крылов, также заподозренный императрицей в неблагонадежности, выпускавший в 1793 году журнал «Санкт-Петербургский Меркурий», вынужден был его закрыть и, памятуя слова Новикова в одном из его журналов: «Близ царя — близ смерти», покинул северную столицу и некоторое время жил в Москве.

С арестом Новикова эпоха торжествующей Минервы, богини государственной мудрости, покровительницы искусств, закончилась. По словам В. О. Ключевского, «царствование Екатерины II кончилось банкротством как экономическим, так и нравственным».

Французская революция обострила все противоречия в России и усилила правительственную реакцию на любое проявление свободомыслия. У Екатерины IIбыли объективные причины опасаться нежелательных для себя последствий распространяемого Новиковым в России просвещения. Она боялась и деятельности московских масонов, их связей с заграницей и наследником, будущим императором Павлом I. Но ведь не сочла же она необходимым по отношению к кому-то другому, кроме Новикова, применить такие суровые меры. Даже в сравнении с мерой наказания, определенной Радищеву («десятилетнее безысходное пребывание в Сибири»), прямо призывавшему к свержению самодержавия, жестокость, проявленная по отношению к Новикову («15 лет Шлиссельбургскои крепости для покаяния в своих злодеяниях») не находит объяснения. Это противоречие было замечено еще Пушкиным, который сказал: «Екатерина любила просвещение, а Новиков, распространивший первые лучи его, перешел из рук Шешковского в темницу, где и находился до самой ее смерти, Радищев сослан был в Сибирь».